由于活性炭有多孔吸附的特性，大量的TOC被吸附后会出现微生物繁殖，长时间运行后产生的微生物一旦泄漏至后端处理单元，势必会对后端处理单元的使用效果产生影响并带来很大的微生物污染风险，因此需要为活性炭过滤器设置高温消毒系统，对其产水的微生物指标进行有效控制；

常见的消毒方式：巴氏消毒、蒸汽消毒、紫外线杀菌方式是活性炭过滤器非常有效的消毒方式。其反洗和正洗可参照多介质过滤器。 紫外线杀菌： 和使用率等的药剂杀菌不同，采用紫外线杀菌完全没有药剂残留，业没有副产物的生成，消毒效果会一句作用对象的不同而不同。采用UV253.7在1-21mJ/cm²（单位：兆焦耳/平方厘米）的照射剂量下可以进行细菌消毒，炭疽（疽 拼音：jū)菌的芽孢例外，剂量为55mJ/cm²）（90%不活化））。

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